SPINeasy DNA Kit for Feces/Soil

Các mẫu đất và phân mang đến những thách thức xử lý riêng biệt. Thành phần của các mẫu phân chủ yếu phụ thuộc vào chế độ ăn uống bao gồm chất xơ, hạt không tiêu hóa được, bilirubin, polysacarit phức tạp và chất béo. Những hợp chất này làm giảm sự đồng nhất  mẫu, làm giảm cả số lượng và chất lượng của DNA được chiết xuất. Ngược lại, các mẫu đất thường chứa một lượng lớn các hợp chất ức chế như axit humic, kim loại nặng và các thành phần thơm khác mà các chất này có thể được đồng tinh sạch với DNA và  làm cản trở các ứng dụng tiếp theo.

The SPINeasy DNA Kit for Feces / Soil được thiết kế để giải quyết những thách thức này bằng cách cung cấp một phương pháp hiệu quả để nhanh chóng phân lập DNA chất lượng cao từ cả mẫu phân và mẫu đất. Bất kể độ phức tạp của chúng như thế nào, tất cả các mẫu đều được đồng nhất tối ưu bằng cách đập hạt với Lysing Matrix YB và Ly giải đệm Buffer SF1. Sau đó tiếp tục Xử lý với Buffer SF2 để loại bỏ hiệu quả axit humic và các chất gây ô nhiễm khác. Hóa chất có trong Buffer SF3 cho phép liên kết DNA cụ thể mà không cần đồng tinh sạch RNA, loại bỏ nhu cầu xử lý RNase A. DNA thu được từ các mẫu đất bị ô nhiễm nặng cho thấy không có sự ức chế trong PCR và ngay lập tức sẵn sàng để sử dụng cho các ứng dụng tiếp theo, bao gồm PCR đoạn dài, qPCR và giải trình tự thế hệ tiếp theo (16S và toàn bộ bộ gen) mà không cần thêm bước loại bỏ chất ức chế .

Kit performance

Figure 1: Fecal samples from animals with various diets prepared using the SPINeasy DNA Kit for Feces/Soil. 

Figure 2: DNA extracted from high biomass / contaminant soil samples using SPINeasy DNA Kit for Feces / Soil and a competitor kit. DNA quality. The DNA yield, purity (A260/280 and A260/230 ratio) and integrity were assessed using spectrophotometer in quadruplicate and DNA gel, respectively. Each dot of the plot represents a single extraction. The horizontal bars indicate the median value. Amplifiability. DNA obtained from soil are more prone to inhibitor contamination. The absence of inhibitor in soil samples obtained using SPINeasy DNA Kit for Feces / Soil kit was confirmed using inhibitor-sensitive PCR and undiluted sample as well as quantitative PCR. 16s microbial analysis. The hypervariable region V4 of the bacterial 16S rRNA gene was amplified using DNA extracted using the 4 extraction kits described in the legend. Sequences were obtained using a NovaSeq PE250 platform and analyzed using the Qiime 2 pipeline. The relative abundance of bacterial species compilated from 4 technical replicates is shown on the left. The percentage indicate the average proportion of gram positive firmicutes (green) found in DNA samples derived from the same soil sample. The rarefaction curves corresponding to each method are depicted on the right. The alpha diversity was measured by the number of operational taxonomic units (OTUs) identified (vertical axis) following the sequencing depth (horizontal axis).

Application Notes

The SPINeasy DNA Kit for Feces/Soil  cho phép phân lập nhanh DNA chất lượng cao từ các mẫu đất và phân với số lượng lớn chất ức chế

Khuyến cáo sử dụng

Trừ khi có quy định khác, các sản phẩm của MP Biomedical chỉ dành cho mục đích nghiên cứu hoặc sản xuất tiếp theo, không dành cho mục đích sử dụng trực tiếp của con người.

Bạn quan tâm  và muốn thử nó? Liên hệ ngay với chúng tôi!

Hotline hỗ trợ: 028 38 688 284 (028) 38 688 283

chithien.lam@fdcpharmachem.vn